2018 – Prêmio Painel-Paulo Sodero Martins, Transcriptional Landscape Under Control of LIMYB, apresentado pelo Orientado Ruan Teixeira no International Congress of Genetics, Sociedade Brasileira Genética, Sociedade Brasileira de Genética.
2017 – Prêmio Nanocell- Vencedora do II Prêmio Cientistas e Empreendedor do Ano Instituto Nanocell na categoria de Professor, área Biologia Sintética ou Engenharia Genética: Da básica ao cerco ao alvo, Instituto Nanocell.
2017 – Prêmio Nanocell- Vencedora do II Prêmio Cientistas e Empreendedor do Ano Instituto Nanocell na categoria de Professor, área Biologia Sintética ou Engenharia Genética: Da básica ao cerco ao alvo, Instituto Nanocell.
2005 – Prêmio Fúlvio Alice outorgado a Fontenelle, M & Fontes E.P.B. 2005 pelo trabalho The Geminivirus Nuclear Shuttle Protein Interacts with a Nucleoporin-Like Protein from Arabidopsis, classificação primeiro lugar., Sociedade Brasileira de Virologia.
